Em 1825, o Beagle foi selecionado para fazer parte de uma ambiciosa viagem de exploração de longo prazo; faria o mapeamento aprofundado da costa sul da América do Sul.
Pringle Stokes, embora relativamente jovem (32 anos), foi nomeado capitão do Beagle: tinha uma ótima reputação como marinheiro e fazia parte da Marinha Real desde os 12 anos. Após mais de dois anos na expedição, deu um tiro na cabeça. Agonizou por doze dias.
Para a segunda viagem, o tenente Robert Fitzroy foi escolhido como o novo capitão do Beagle, um pioneiro na área da meteorologia.
Preocupado com o suicídio de seu antecessor e com a possibilidade de suicídio hereditário em sua própria família (seu tio havia cometido suicídio algum tempo antes), Fitzroy decidiu tomar precauções especiais na preparação para a segunda viagem do Beagle. Fez uma reforma extensiva do navio (e movendo a cabine de seu próprio capitão o mais longe possível da cabine de Stokes), ele também solicitou que um cientista lhe acompanhasse na viagem. A ideia seria que o companheiro compartilhasse suas próprias ideias científicas, proporcionasse companheirismo intelectual e, em geral, evitasse que ele caísse na mesma depressão que havia condenado o capitão Stokes.
Depois que vários outros candidatos recusaram a posição, Fitzroy acabou escolhendo um jovem naturalista chamado Charles Darwin. Fitzroy teve dúvidas iniciais sobre Darwin, uma vez que, de acordo com suas idéias sobre a fisionomia, a forma do nariz de Darwin sugeria que ele tinha “energia e determinação insuficientes”. Darwin foi finalmente capaz de persuadi-lo, no entanto.
Esta segunda viagem do Beagle, que durou de 1831 a 1834, transformaria a biologia como a conhecemos. Com base em suas observações naturalistas durante a viagem, Charles Darwin acabaria publicando On The Origin of Species em 1859.
Ironicamente, um de seus críticos mais ardentes seria o próprio Robert Fitzroy que, como um criacionista ferrenho, admitiria publicamente sua própria culpa pelo papel que inadvertidamente desempenhou no desenvolvimento da evolução. Essa culpa, junto com seus próprios medos de ficar louco, acabaria por levar ao seu suicídio, em 1865.
Balaio Caótico 